Cień Moskwy u Komorowskiego

W 1997 r. w styczniu amerykański „New York Times” przeprowadził z Karkoszką słynny wywiad, w którym ten w ostrych słowach wypowiadał się o wciąż pełniącym funkcję szefie Sztabu Generalnego gen. Tadeuszu Wileckim, człowieku Lecha Wałęsy. Wilecki miał, zdaniem Karkoszki, utrudniać przystąpienie Polski do Sojuszu Północnoatlantyckiego. Po kilku tygodniach od ukazania się wywiadu Sztab został bez szefa. Kolejne kontrowersje związane z Andrzejem Karkoszką pojawiły się, gdy w 1997 r. minister obrony narodowej, już z ramienia koalicji AWS-UW Janusz Onyszkiewicz, uznał, że nie widzi powodu, by usuwać Karkoszkę z ministerstwa, ewentualnie jedynie przesunąć go na inne stanowisko. W kuluarach mówiło się wówczas, że pozostawienie go w resorcie obrony to jeden z warunków koalicyjnych. Jedną z osób, która miała stać murem za realizacją tego postulatu, był Aleksander Kwaśniewski. W 2009 r. Karkoszka został szefem tzw. rady doradczej przy dowództwie wojsk specjalnych NATO. Nazywana „Kolegium